El Padre Pío llevó todo ello con humildad y una total obediencia: le prohibieron celebrar Misa en público, confesar, recibir visitas; quedó, de hecho, recluido en su celda como un prisionero.
Desde Benedicto XV a Juan Pablo II, todos los papas se preocuparon por lo que se llegó a llamar "el caso" del Padre Pío. Finalmente, "el caso" se clarificó unos años antes de su muerte en 1968. El clamor popular de santidad se vio confirmado oficialmente en 1999, cuando el Santo Padre Juan Pablo II lo proclamó beato y, tres años más tarde, lo declaró santo.